Los ecosistemas acuáticos incluyen las aguas de los océanos y las aguas continentales dulces o saladas.
Cada uno de estos cuerpos de agua tiene estructuras y propiedades físicas particulares con relación a la luz, la temperatura, las olas, las corrientes y la composición química, así como diferentes tipos de organizaciones ecológicas y de distribución de los organismos.
Ecosistema marino
La oceanografía se ocupa del estudio de estos ecosistemas. Pueden ser de dos tipos dependiendo de la luz solar que reciben:
- Fótico: Cuando recibe luz suficiente para la fotosíntesis, lo que sucede hasta los 200 m de profundidad. Ejemplos de ecosistemas de este tipo son el de playa o costero, el deplataforma continental, de mar abierto, arrecife de coral, laguna de atolón,desembocadura de río, etc.12
- Afótico: Donde no llega la luz suficiente para la fotosíntesis. Como en mar poco profundo, mar profundo, abisal, fosa oceánica y la mayor parte del fondo marino.
Ecosistema de agua dulce
La limnología se ocupa del estudio de los ecosistemas de ríos y lagos. En este grupo no sólo se consideran los ecosistemas de agua corriente (medios lóticos) y los de agua quieta (medios lénticos), sino también los hábitats acuosos de manantiales, huecos de árboles e incluso las cavidades de plantas donde se acumula agua y los ambientes de aguas subterráneas.

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